Bank wprowadził usługi bankowości internetowej dla Klientów indywidualnych w 2003 roku, od tego czasu systematycznie rozwijana jest funkcjonalność systemu zarówno dla Klientów indywidualnych jak i firm. Dzięki niższym opłatom za usługi oraz wygodnemu dostępowi do rachunków, Millenet szybko zyskuje nowych użytkowników. Tylko w ciągu ostatniego kwartału liczba nowych użytkowników systemu z segmentu Klientów indywidualnych wzrosła o 21%.
 
Dostęp do bankowości internetowej jest bezpłatny. Klienci w  systemie najczęściej sprawdzają saldo na rachunkach i wykonują przelewy, które w zależności od rodzaju rachunku Klienta – są bezpłatne lub kosztują 0,50 zł. W marcu 2005 r. prawie 70% wszystkich przelewów zrealizowanych przez klientów indywidualnych zostało wykonanych w systemie bankowości internetowej.
Klienci mają także możliwość założenia specjalnej, konkurencyjnie oprocentowanej lokaty terminowej - Lokata Millenet , która umożliwia lokowanie dowolnych kwot na dowolny okres od 1 do 366 dni.
 
W ostatnim okresie funkcjonalność systemu dla klientów indywidualnych została rozszerzona o m.in.

• dostęp do wyciągów online – umożliwia zastąpienie drukowanej wersji wyciągów przesyłanych pocztą na ich elektroniczną wersję dostępną w Millenet
• system automatycznych powiadomień sms na telefon komórkowy o operacjach na rachunkach w Banku i transakcjach dokonywanych kartami płatniczymi - MilleSMS. W odróżnieniu od większości serwisów tego typu funkcjonujących na rynku, powiadomienia są wysyłane natychmiast po wykonaniu transakcji. Powiadomienia o transakcjach dokonanych kartami płatniczymi wysyłane są przez całą dobę. Pozostałe powiadomienia wysyłane są w godzinach 6.30 – 21.30.

Powiadomienia są wysyłane do 20 rodzajów transakcji, w tym przede wszystkim o: przelewach przychodzących na rachunek, płatnościach dokonywanych kartami płatniczymi, wypłatach gotówki z bankomatów dokonywanych kartą debetową. Koszt jednego MilleSMSa to 0,19 zł, przez miesiąc od dnia aktywacji usługi Bank nie pobiera opłat za realizację powiadomień.
 
W styczniowym wydaniu miesięcznika Home&Market w rankingu internetowych witryn bankowych, serwis Millenet został sklasyfikowany na 2 miejscu. Witryna Banku Millennium – wraz z serwisami czterech innych banków - została określona jako ta, która może być wyznacznikiem tego, jak powinna wyglądać strona www firmy z sektora finansowego.